Poliklinik für Parodontologie und Zahnerhaltung

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SPRECHSTUNDE IM DEUTSCHLANDFUNK / Beitrag vom 07.01.2014

Zahnfleischerkrankungen und ihre Folgen

Zahnfleischerkrankungen gehören zu den häufigsten Mundkrankheiten. Doch wie schützt man sich gegen beispielsweise Zahnfleischbluten oder Entzündungen?

Studiogast: Prof. Dr. med. dent. Benjamin Ehmke,  Direktor der Klinik Zentrum für Zahn-, Mund- und Kieferheilkunde, Universitätsklinikum Münster

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http://www.deutschlandfunk.de/zahnmedizin-zahnfleischerkrankungen-und-ihre-folgen.709.de.html?dram:article_id=273867

Evaluation von bezahlbaren und schnellen ‚Next Generation’ Sequenzier-Maschinen / Starkes Debüt von Illumina MiSeq & Ion Torrent PGM die sich am schnellsten verbessernde Plattform

ZUSAMMENFASSUNG: Neue Studie in Fachzeitschrift „Nature Biotechnology“: Vergleich von Desktop ‚Next Generation’ Sequenzierern / MiSeq und PGM bezahlbar und gut genug für baldigen routinemäßigen Einsatz in der klinischen Mikrobiologie.

Seit etwa zwei Jahren werden schnelle und günstige ‚Next Generation Sequencing’ (NGS) Maschinen am Markt angeboten. Eine von der Universität Münster geleitete Gruppe von Wissenschaftlern hat nun diese Maschinen evaluiert und ihre Fortentwicklung im Laufe der letzten zwei Jahre dokumentiert.

Dafür untersuchte das Team bestehend aus Forschern der Universitäten Bielefeld, Münster, Wien sowie vom Alfred-Wegener-Institut in Bremerhaven die folgenden drei Geräte: GS Junior (Roche; Titanium 400 Basen [b] Chemie), MiSeq (Illumina; 2x 150b & 2x 250b ‚paired-end’ Verbrauchsmittel) und PGM (Ion Torrent; 100b, 200b, 300b & 400b Kits). Untersucht wurden bakterielle Genome mittels NGS. Alle Unterschiede zu einem hoch-qualitativen Referenzgenom wurden zusätzlich durch traditionelle Sanger-Sequenzierung geprüft.

Das Team fand dabei heraus, dass der MiSeq ein starkes offizielles Marktdebüt mit sehr wenigen Substitutions- und gar keinen Insertions- und Deletions- (InDel) Fehlern auf Konsensusebene zeigte. Der GSJ hatte bei weitem den geringsten Sequenzierungsdurchsatz. Der Betrieb dieser Maschine war deshalb deutlich teurer im Vergleich zu den beiden anderen. Der PGM hat sich in den letzten zwei Jahren am schnellsten verbessert.

Mit der aktuellen 300/400bp Chemie ließen sich in der Konsensussequenz nur noch ein Subsitutions- und eine deutlich reduzierte Anzahl von InDel-Fehlern feststellen. Da diese InDel-Fehler systematisch sind - fast alle dieser Fehler befinden sich in Homopolymer-Regionen der Sequenz – lassen sich diese mit geeigneter Software korrigieren, kommentiert der Letztautor der Studie Prof. Dr. med. Dag Harmsen von der Universität Münster.

„Insbesondere die Qualität der de novo Assemblierung mit aktuellen Daten vom PGM und MiSeq ist außerordentlich gut. Daher erwarte ich, dass beide Plattformen bereits dieses Jahr bei einigen führenden Institutionen routinemäßig zur Überwachung von bakteriellen Infektionsgeschehen in der klinischen Mikrobiologie und im Gesundheitswesen eingesetzt werden“, betonte der Mediziner.

„Es ist sehr schwierig einen absolut fairen Vergleich von NGS Maschinen durchzuführen. Wir halten jedoch die Analyse der Fehlerrate der Konsensussequenz für Endnutzer wesentlich informativer als die in der Vergangenheit häufig mit Rohdaten durchgeführte Fehlerauswertung“, führte der Erstautor der Studie, Sebastian Jünemann vom Institut für Bioinformatik am Centrum für Biotechnologie der Universität Bielefeld, aus.

Dag Harmsen wirft einen Blick in die Zukunft: „Mit solch guten Sequenzierergebnissen verschiebt sich der Fokus von der Laborarbeit hin zur benutzerfreundlichen bioinformatischen Analyse“, prognostiziert er. Dies ist exakt das Thema des EU FP7 PathoNGenTrace Projekts an dem Harmsen auch beteiligt ist. "Wir arbeiten an einfach nutzbaren Computerprogrammen, welche die Lücke zwischen Daten und Wissen schließen können", erklärte er abschließend. 

Originalpublikation: Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013). Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology 31(4): 294–296 / doi:10.1038/nbt.2522.

Links:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23563421
http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n4/full/nbt.2522.html

Umbau der Poliklinik für Parodontolgie

Die Poliklinik für Parodontologie wird ab dem 04.02.2013 umgebaut.

Die Patientenbehandlung wird durch den Umbau weitestgehend nicht beeinträchtigt. Dennoch bitten wir um Verständnis für etwaige Einschränkungen in der Umbauphase.

Ernennung zum ASM "Ambassador to Germany"

Prof. Dr. Dag Harmsen wurde mit sofortiger Wirkung zum "Ambassador to Germany" der American Society for Microbiology (ASM) ernannt. Die ASM ist mit ca. 40.000 Mitgliedern, die weltweit größte wissenschaftliche Fachgesellschaft und ist in über 80 Ländern der Erde präsent.

Die Gemeinschaft macht’s / Parodontitis wird nicht von einzelnen Bakterienarten ausgelöst

ZUSAMMENFASSUNG: Neue Studie in Online-Fachzeitschrift „PLoS ONE“: Zusammensetzung der Mikroorganismen in der Mundhöhle beeinflusst Zahngesundheit / Analyse einzelner Bakterienarten reicht nicht, um Therapieerfolg bei der Behandlung von Parodontitis beurteilen zu können.

Es gibt einen direkten Zusammenhang zwischen der Gesundheit der Zähne eines Menschen und der Zusammensetzung der Mikroorganismen in der Mundhöhle. Um die Entstehung von Parodontitis – einer Entzündung des Zahnhalteapparates, die mit Knochenabbau einhergeht – zu verstehen, ist es nötig, die Gemeinschaft der Mikroorganismen im Mund zu analysieren. Nur einige wenige Bakterienarten zu untersuchen, wie bisher üblich, ist nicht ausreichend. Zu diesem Schluss kommen Wissenschaftler der Universitäten Münster und Bielefeld in einer neuen Studie, die nun in der Online-Fachzeitschrift „PLoS ONE“ veröffentlicht ist.

Parodontitis führt unbehandelt dazu, dass die Zähne locker werden und ausfallen. Sie ist weltweit eine der häufigsten Erkrankungen, von der mehr als die Hälfte der über 40-Jährigen in den Industrieländern betroffen sind. Zur Behandlung reinigt der Zahnarzt üblicherweise die Zahntaschen, um bakterielle Beläge (Plaques) zu entfernen, welche die Erkrankung auslösen. Häufig werden zu dieser professionellen Zahnreinigung noch zusätzlich Antibiotika verschrieben, obwohl unklar ist, wie effektiv sie wirken, so die Wissenschaftler. 

Im menschlichen Mund leben bis zu 700 verschiedene Bakterienarten. Bestimmte Kombinationen der Bakterienarten spielen eine zentrale Rolle bei der Entstehung von Parodontitis, erklären die Forscher. Welche das genau sind, sei bislang nicht im Detail bekannt. Ziel der Studie war es daher, herauszufinden, wie die Bakteriengemeinschaft auf die konventionelle Parodontitis- Behandlung reagiert. Dies sei der erste Schritt, um zu verstehen, wie diese Methode wirkt, und um in Zukunft Vorhersagen über den Verlauf der Erkrankung treffen zu können, betonen die Wissenschaftler.  

Den bisher üblichen Ansatz, ausgewählte Bakterienarten zu untersuchen, hält Prof. Dr. Dag Harmsen von der Poliklinik für Parodontologie der Universität Münster, Mitautor der neuen Studie, für uneffektiv. „Parodontitis wird nicht von einzelnen Bakterienarten ausgelöst. Es ist nötig, alle Mikroorganismen im Mundraum zu erfassen und zu beobachten, wie diese Lebensgemeinschaft auf die Behandlung reagiert. Nur so kann man verstehen, ob und weshalb eine Behandlung wirkt“, betont der Mediziner. Das Team konnte erstmals zeigen, dass die professionelle Zahnreinigung mit und ohne Antibiotikagabe zu einer Erhöhung der Vielfalt und Gleichverteilung an Bakterienarten im Mund der Patienten führt.

Dag Harmsens Ansatz, die Gesamtheit aller Mikroorganismen im Mund zu betrachten, ist ein sogenannter metagenomischer Ansatz, bei dem bestimmte DNA-Fragmente – „Amplikons der ribosomalen DNA“ – untersucht werden. Diese molekulargenetische Methode ermöglicht es, das Erbgut aller im Mund vorkommenden Organismen durch eine DNA-Sequenzierung zu erfassen und somit nachzuweisen, welche Arten von Mikroorganismen dort leben. Das Forscherteam hat für diese Art von Untersuchung erstmals einen „Ion PGM™“-Sequenzierer eingesetzt. Dieses Sequenziergerät ermöglicht eine schnellere und günstigere metagenomische Analyse als bisher, also eine Sequenzierung der „nächsten Generation“. „Die größte Schwierigkeit dabei ist es, die großen Datenmengen, die dabei entstehen, sinnvoll auszuwerten. Es war für uns eine Herausforderung, ein automatisches Analysesystem für diese neue Technologie zu entwickeln“, betont der Erstautor der Studie, Sebastian Jünemann vom Institut für Bioinformatik am Zentrum für Biotechnologie der Universität Bielefeld.  

Dag Harmsen wirft einen Blick in die Zukunft: „Die Ergebnisse der Studie müssen zunächst durch weitere Experimente mit einer größeren Stichprobe bestätigt werden. Dann wird unser neuer Ansatz, Veränderungen in der gesamten mikrobiellen Lebensgemeinschaft im Mund zu beobachten, den Erfolg von Parodontitis-Behandlungen verbessern. Diese Methode wird sicherlich bald routinemäßig in der Praxis eingesetzt“, prognostiziert er.  

Kontakt: Dr. Thomas Bauer, Medizinische Fakultät der Universität Münster (Telefon: 0251 83-58937; E-Mail: thbauer(at)­uni-muenster(dot)­de)  

Originalpublikation:  

Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, Harks I, Ehmke B, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2012) Bacterial community shift in treated periodontitis patients revealed by Ion Torrent 16S rRNA gene amplicon sequencing. PLoS ONE 7(8): e41606  

doi: 10.1371/journal.pone.0041606 

Link: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0041606

Link: http://find.lifetechnologies.com/sequencing/ionharmsen16s/ltfurl

Interview mit Prof. Dr. Dag Harmsen hier.

 

Querschnittsprojekt "PBA-Zoo" wird seit 1. Januar 2011 unter dem Dach der Zoonosenplattform fortgesetzt

Phylogenie, Bioinformatik und Amplikon-Resequenzierung von Zoonose-Erregern sind die Themen dieses breit angelegten Querschnittsprojektes, das in Münster unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. h. c. Helge Karch, Prof. Dr. Dag Harmsen und Dr. Alexander Mellmann durchgeführt wird. Im Rahmen der zweiten Förderphase soll neben den Sequenzierungsarbeiten die Nachwuchsförderung ein wesentlicher Bestandteil sein.

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Gefahr aus dem Schweinestall

Dr. Christina Heimken
Presse- und Informationsstelle
Westfaelische Wilhelms-Universität Münster

15.04.2011

Neuer Forschungsverbund „MedVet Staph“ untersucht Übertragung von Krankheiten von Tieren auf Menschen / Bundesforschungsministerium fördert mit 2,5 Millionen Euro den Kampf gegen Krankenhausinfektionen durch resistente Tier-Bakterien

Wenn Menschen ins Krankenhaus kommen, ist ihr Immunsystem häufig geschwächt. Krankheitserreger, die kerngesunden Menschen selten schaden, können dann gefährlich werden. Das Bakterium Staphylococcus aureus (S. aureus) ist ein Musterbeispiel: Bis zu 70 Prozent aller Menschen tragen den Keim zwar unbeschadet auf der Haut, bei geschwächten Patienten kann er aber schwere Infektionen, wie Haut- und Weichgewebeinfektionen, Lungen- und Knochenentzündungen, hervorrufen. Für Krankenhäuser ist das eine Herausforderung: Einige Stämme des Bakteriums lassen sich mit Antibiotika schwer bekämpfen („MRSA“, Methicillin-resistenter Staphylococcus aureus). Aber auch außerhalb der Krankenhäuser wurden MRSA in den vergangenen Jahren bei Nutztieren wie Schweinen, Rindern und Geflügel immer häufiger nachgewiesen.

S. aureus kann zwischen Menschen und Tieren übertragen werden; wie das Bakterium die Spezies-Barriere überwindet, ist unklar. Um diese und weitere Fragen rund um den Erreger zu klären, fördert das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) über die nächsten drei Jahre mit rund 2,5 Millionen Euro den bundesweiten Forschungsverbund „MedVet-Staph“. Mehr als 800.000 Euro davon gehen nach Münster.

„Die Übertragung zwischen Mensch und Tier wurde in den vergangenen Jahren beobachtet“, so Dr. Robin Köck, Koordinator des Forschungsverbundes, vom Institut für Hygiene am Universitätsklinikum Münster. „Der Erreger lässt sich bei mehreren Nutztieren nachweisen, er findet sich etwa in 70 Prozent der Schweine haltenden Betriebe in Deutschland. Die S.-aureus-Stämme unterscheiden sich aber in ihrer Verbreitungsfähigkeit – manche kommen nur bei Mensch oder Tier vor, andere überschreiten diese Barriere. Herauszufinden, welche Eigenschaften dafür verantwortlich sind, ist eines unserer Ziele“. Außer den Forschungsgruppen der Uni Münster sind Human- und Veterinärmediziner, Biologen und Agrarwissenschaftler aus mehreren Einrichtungen in das Forschungsnetzwerk eingebunden: Neben der Freien Universität Berlin, der Universität des Saarlandes und der Universität Würzburg sind das Robert-Koch-Institut, das Bundesinstitut für Risikobewertung und das Friedrich-Loeffler-Institut dabei.

In Münster sind das Institut für Hygiene, das Institut für Medizinische Mikrobiologie und die Poliklinik für Parodontologie an „MedVet Staph“ beteiligt. Das Institut für Hygiene befasst sich mit der Frage, wie verbreitet MRSA aus dem Tierreservoir bei Patienten in Krankenhäusern sind und wie sich MRSA-Keime, die vom Tier auf den Menschen übertragen worden sind, im menschlichen Wirt evolutionär verändern. Die Mikrobiologie unter Projektleiter Prof. Dr. Karsten Becker untersucht schwerpunktmäßig, welche Faktoren bei manchen MRSA-Stämmen eine Übertragung zwischen Mensch und Tier ermöglichen und welche besonderen Eigenschaften Tier-MRSA als Krankheitsauslöser aufweisen. Die Parodontologie unter Prof. Dr. Dag Harmsen baut eine nationale Datenbank für zoonotische (also zwischen Mensch und Tier übertragbare) S. aureus auf, in der die Erkenntnisse aller beteiligten Projektpartner zusammengeführt werden.


 

Redaktion: Dr. Thomas Bauer
(E-Mail: thbauer@uni-muenster.de; Telefon: 0251 83-58937)

Weitere Informationen:

http://medvetstaph.net/index.html Weitere Informationen zum Projekt

Mundgeruchsprechstunde

Mundgeruch-Sprechstunde

Die Zunge riecht wie Pech und Schwefel

 

 

In der "Mundgeruch-Sprechstunde" der Zahnklinik wird Atemluft gemessen, als spezielles Angebot der Parodontologie 

Münster - Frischer Atem, strahlend weiße Zähne, glückliche Menschen: Dieses Motiv aus der Werbung kennt wohl jeder. Aber Fakt ist: „Jeder fünfte Mensch in Deutschland leidet zeitweise oder dauerhaft unter Mundgeruch“, erklärt Prof. Dr. Benjamin Ehmke, Direktor der Poliklinik für Parodontologie am Universitätsklinikum Münster (UKM).

Termine für die Mundgeruch-Sprechstunde können vereinbart werden unter: 0251 / 83-45092

Ehmke und sein Team haben dem Mundgeruch den Kampf angesagt: Die Parodontologen des UKM bieten seit diesem Jahr eine spezielle Mundgeruch-Sprechstunde an. „Viele Mundgeruchpatienten haben auf der Suche nach den Ursachen schon viele Stationen hinter sich. Da der Mundgeruch meist im Mund entsteht, ist es sinnvoll mit der Diagnostik beim Zahnarzt zu beginnen. Mit einem speziellen Gerät, dem Halimeter, können wir die Schwefelverbindungen in der Atemluft direkt und objektiv messen“, erläutert Dr. Inga Harks, Oberärztin in der UKM-Parodontologie, ein spezielles Angebot der Mundgeruch-Sprechstunde.

Die Messungen sollen Mundgeruch messbar machen. Schlägt der Halimeter aus, erfolgt eine gründliche Untersuchung der Zähne, der Zunge und des gesamten Mundraums, um die exakte Ursache zu finden. „Im Rahmen der Behandlung werden die Zähne und die Zunge gereinigt. Zudem erlernt der Patient die für ihn beste Methode der Zahn- und Zungenpflege. Ist das Zahnfleisch entzündungsfrei und sind die Probleme der Zunge beseitigt, wird der Mundgeruch deutlich geringer. Durch die erfolgreiche Behandlung der Ursache kann Mundgeruch auch ganz beseitigt werden. Man muss also nicht permanent Lutschpastillen oder Kaugummis bei sich haben. Solche Mittel können zwar den Geruch überdecken, die Ursache dauerhaft beseitigen kann man mit ihnen aber nicht.“ erklärt Prof. Ehmke.Was aber, wenn die Schwefelverbindungen nicht die Ursache für den unangenehmen Atemduft sind? Auch hier kann die Mundgeruch-Sprechstunde helfen. 

Prof. Ehmke: „In solchen Fällen bleibt immer noch der Geruchssinn als Hilfsmittel. Und bei einer Untersuchung des Mundes können in der Regel auch schnell Hinweise auf die Ursache gefunden werden.“ Und noch etwas ist Prof. Ehmke aufgefallen: „Frauen kommen häufiger in unsere Sprechstunde, weil sie selbst glauben, Mundgeruch zu haben. Männer kommen dagegen eher, weil es ihnen jemand anderes gesagt hat.

WN, 27.01.2011

Weitere Informationen über die Mundgeruch-Sprechstunde finden Sie in unserem Flyer  "Ich kann mich nicht riechen"

 

Wiederwahl zum Mitglied des „Professional Development Committee“ der „American Society for Microbiology“ und zum Mitglied des „Internen Beirats“ der Nationalen Forschungsplattform für Zoonosen“

Am 28.08.2010 wurde Prof. Dr. D. Harmsen erneut zum Mitglied des „Professional Development Committees” der "American Society for Microbiology" (ASM) gewählt. Die ASM (www.asm.org) ist mit zirka 40.000 Mitgliedern die größte wissenschaftliche Vereinigung der Welt.<//span>

Ferner wurde Prof. Harmsen am 7.10.2010 zum Mitglied des „Internen Beirats“ der „Nationalen Forschungsplattform für Zoonosen“ wieder gewählt (http://www.zoonosen.net/).

Wiederwahl in den Executive Board des ICSP

Im August 2008 wurde Prof. Dr. Dag Harmsen in Istanbul als "member-at-large" in den "Executive Board" des "International Committee on Systematics of Prokaryotes" (ICSP) für eine weitere Amtszeit von drei Jahren gewählt. Das ICSP regelt innerhalb der "International Union of Microbiological Societies" (IUMS) weltweit als einzig autorisierte Institution alle Fragen zur Taxonomie von Prokaryonten.

Neuer Direktor der Poliklinik für Parodontologie

Mit Wirkung zum 01.08.2008 ist Herr Prof. Dr. Benjamin Ehmke Direktor und Prof. Dr. Dag Harmsen der Forschungsleiter der Poliklinik für Parodontologie der Universität Münster.

1,7 Millionen EUR für Forschung an Viren und Bakterien
Foto Gruppe

 

[Mittwoch, 20. Februar 2008]
Münster (ukm). Viele gefährliche Infektionskrankheiten werden vom Tier auf den Menschen übertragen. Zu diesen als Zoonosen bezeichneten Erkrankungen gehören beispielsweise die durch Viren hervorgerufene Grippe und bakterielle Infektionen wie die Salmonellose. Die Fragen, warum und wie ein Erreger vom Tier auf den Menschen überspringt und dort Krankheiten auslöst, sind noch weitgehend ungeklärt. Das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) fördert daher seit kurzem eine Reihe von bundesweiten Forschungsnetzwerken, die sich mit den Anpassungsvorgängen der Erreger befassen. Neue Erkenntnisse sind von zentraler Bedeutung, um künftig zoonotisch übertragene Krankheitserreger zu bekämpfen.

Die Infektionsforschung in Münster profitiert umfangreich von dieser Förderung: Annähernd 10 Prozent der insgesamt vom BMBF zur Verfügung gestellten Fördergelder gehen an Forschungsinstitute des Universitätsklinikum Münster. In einem Netzwerk zur Erforschung lebensmittelbedingter zoonotischer Infektionen durch Bakterien werden in Münster drei Projekte gefördert (Projektleiter: Prof. Dr. Helge Karch, Dr. Alexander Mellmann, Institut für Hygiene, und Prof. Dr. Dag Harmsen, Poliklinik für Parodontologie). Ein weiteres Netzwerk zur Erforschung von Influenza-Viren, den Erregern der Virusgrippe, wird von Münster aus geleitet. Prof. Dr. Stephan Ludwig, der erst vor drei Jahren das Institut für Molekulare Virologie übernommen und die Influenza-Forschung in Münster etabliert hat, ist Koordinator des Netzwerks mit dem Namen „FluResearchNet“. Gemeinsam mit Prof. Dr. Johannes Roth, Leiter des neu eingerichteten Instituts für Immunologie wird Ludwig zwei Teilprojekte in diesem Netzwerk leiten.

„Die Koordination dieses ersten bundesweiten Influenza Forschungsnetzwerks am UKM bringt Münster in eine Vorreiterrolle im Kampf gegen diese Krankheitserreger und macht uns auch im Ausland sichtbar“, so Ludwig. Im Juni 2008 wird erstmals eine internationale Konferenz mit hochrangigen Virologen zum Thema Influenza in Münster stattfinden. Die jüngste BMBF Förderung bedeutet, zusammen mit dem im vergangenen Jahr eingerichteten DFG Graduiertenkolleg 1409 „Pathogene und Oberflächen“ und dem BMBF Netzwerk „SkinStaph“, für die Infektionsforschung in Deutschland eine weitere Stärkung des Standortes Münster.

Bildzeile: Die Projektleiter (v.l.n.r.): Dr. Alexander Mellmann, Prof. Dr. Stephan Ludwig, Prof. Dr. Helge Karch, Prof Dr. Johannes Roth und Prof. Dr. Dag Harmsen.

 
 
 
 

Kontakt

Poliklinik für Parodontologie und Zahnerhaltung

Waldeyerstraße 30
48149 Münster 
Tel.: 0251 - 83 - 4 50 92

 

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